Антивирусная программа не знает пароль, поэтому она не может проверить, есть ли внутри вирус.
Поэтому он предупреждает вас, что не может проверить, есть ли вирус.
Это, вероятно, не позволит злоумышленникам отправить вам по электронной почте защищенный паролем архив и включить пароль в электронное письмо.
Вирус может заразить защищенный паролем архив, либо заменив весь архив новым, содержащим вирус (уничтожив все, что было в исходном архиве), либо взломав пароль. (Это будет зависеть от того, насколько надежен ваш пароль и насколько надежно шифрование)
Защита архива паролем не помешает вирусу полностью удалить его. (Нет разницы между удалением защищенного паролем архива и удалением любого обычного файла)