Либо BitLocker (который я бы посоветовал, если вы используете Windows, особенно если на вашей машине установлен TPM, но который почти не используется в Linux), либо VeraCrypt (можно использовать со всеми операционными системами) будет работать нормально. Другое программное обеспечение, такое как dm-crypt / LUKS, также должно быть жизнеспособным вариантом (хотя я менее уверен, что его можно применить к уже используемым дискам)
Нет смысла разделять разделы, если только вы не используете систему, которая не поддерживает GPT-диски, что довольно безопасно сказать, что вы этого не делаете. Большинство полнофункциональных инструментов шифрования - конечно, те, которые я рекомендовал выше - поддерживают выполнение шифрования на месте, пока диск используется. Конечно, данные не будут полностью защищены до тех пор, пока не завершится шифрование, но это верно для любой криптосистемы, которая должна работать с живыми данными.