Всякий раз, когда у меня возникают серьезные проблемы с жестким диском, я использую SpinRite:
http://www.grc.com/sr/spinrite.htm
Это стоило 89 долларов, но сэкономило мне больше, чем я могу сосчитать.
Другой альтернативой является загрузка с установочного компакт-диска Windows 7 и запуск оттуда chkdsk.