Возможно, вы не используете совместимый с vaapi медиаплеер, такой как mplayer-vaapi ?
Вы можете найти его как libva, xvba-video или vaapi. Без этого дополнения Video Acceleration медиаплеер не будет использовать вашу карту GFX, как вы ожидаете.
Я не могу дать вам более конкретный ответ, так как я использую не Ubuntu, а ARCH Linux. Но я предлагаю вам прочитать эту вики-страницу. Это может относиться к вашей ситуации.