Да, службы по определению работают независимо от каких-либо интерактивных входов в систему (так сказать, «в фоновом режиме»). «Диспетчер служб» в Windows заботится о настройке токена и запуске программы под своей специальной учетной записью.
Пользовательские службы могут быть созданы при условии, что они реализуют необходимые API:
- Введение в приложения-службы Windows для .NET 4.6
- Для сравнения, модуль PyWin32 'servicemanager'
- Базовая функция RegisterServiceCtrlHandler Win32 API