Если торренты живут в папке назначения торрентов (см. « Правка» -> «Настройки», затем вкладка «Торренты»), то Transmission просто выяснит это, и вам не нужно ничего делать.
Если торрент-файлы живут где-то еще, просто сделайте символическую ссылку из каталога загрузки торрентов на их текущее местоположение.