Вы должны объединить два, как это
String[] complexCommands = {"ffmpeg", "-y", "-i", "/sdcard/videokit/in.mp4", "-i", "/sdcard/videokit/tttt.mp4", "-strict", "experimental", "-filter_complex", "[0:v:0]pad=iw*2:ih[bg];[bg][1:v:1]overlay=w,scale=320x240;[0][1]amix=inputs=2:duration=first:dropout_transition=2", "-r", "30", "-b", "15496k", "-vcodec", "mpeg4", "-ab", "48000", "-ac", "2", "-ar", "22050", "-shortest", "/sdcard/videokit/partik.mp4"};
В зависимости от версии FFmpeg может потребоваться назначить выходные пэды и отобразить их, но попробуйте сначала.