Если вы не хотите постепенного появления, вам не нужны эти фильтры.
ffmpeg -i doodle.mp4 -loop 1 -i ban.png -loop 1 -i intro.png -loop 1 -i outro.png -c:a copy -filter_complex "[1:v]fade=out:st=58:d=0[watermark0]; [2:v]fade=out:st=10:d=0.5[watermark1]; [0:v][watermark0]overlay=(main_w-overlay_w)/2:main_h-overlay_h:shortest=1[tmp0]; [tmp0][watermark1]overlay=(main_w-overlay_w)/2:main_h-overlay_h" doodle2.mp4
Теперь ban.jpg и intro.png будут только исчезать. Обратите внимание, что outro.png нигде не используется.