Не знаю синтаксис fluent-ffmpeg, но я могу определить проблему: вы не можете повторно использовать выходные данные фильтра, сгенерированные в фильтре графа. Нужный метод - разделить выходные данные, поэтому начальная часть графа фильтра будет выглядеть так:
[0:v]setpts=0.3333333333333333*PTS,split=2[pts1][pts2]; [pts1]crop=out_w=3381.4186868767238:out_h=1728:x=0:y=0[left]; [pts2]crop=out_w=74.58131312327646:out_h=1728:x=3381.4186868767238:y=0[right];