Поддержка ext fs во FreeBSD далека от совершенства. Вы могли бы читать / писать ext2fs. Вы можете читать ext3 / ext4 (даже если это большая проблема, но я бы не стал доверять ее написанию чего-либо. Посмотрите, что говорит вики FreeBSD .
FreeNAS не должен форматировать ваш диск, если вы не делаете это самостоятельно.