Как отметил в комментариях slhck, проблема связана с прозрачным слоем, который не обрабатывается должным образом.
Чтобы предотвратить добавление слоя прозрачности в mogrify, добавьте -background white -alpha off
:
mogrify -background white -alpha off -verbose -density 500 -resize 800 -format png ./*.pdf`