Если вы подключены к WiFi, все ваши приложения, которые требуют использования Интернета, будут автоматически использовать подключение WiFi, так что да, конечно, WhatsApp будет использовать WiFi, если вы подключены к нему.
Вы не должны находить, что ваше использование данных увеличивается, если вы подключены к WiFi.