это не только CLI. здесь вы можете скачать графический интерфейс: https://www.fosshub.com/MKVToolNix.html
и вот как вы его используете:
- выберите треки
- установить нужные треки как глухие
- Mux все это
Кстати, вы должны рассмотреть возможность иметь новый медиаплеер: https://potplayer.daum.net/