Если ваш пример точен, просто добавьте различные изображения в виде слоев в GIMP. Отверстие в верхнем слое покажет хорошее изображение ниже. Отверстие в нижнем слое не имеет значения, если у верхнего слоя есть хорошие данные для этой части.
Расположите слои так, чтобы лучшее изображение было сверху, а худшее снизу.
Если у вас есть области низкого качества, которые вы хотите усреднить, это другое дело.