Используйте MKVMergeGUI .
mkvmerge и mkvmerge GUI (или просто mmg) - две программы, созданные Морицем Бункусом. Они являются частью пакета mkvtoolnix . mkvmerge может читать множество различных мультимедийных файлов и помещать их содержимое в файлы Matroska. К сожалению, это программа командной строки, и не всем удобно работать в командной строке. Именно здесь в игру вступает графический интерфейс mkvmerge. Это графический интерфейс, который предоставляет пользователю интуитивно понятный, но мощный интерфейс для mkvmerge.
Попробуйте этот пример ( источник ):
mkvmerge -o out.mkv input.avi input.srt