MKVtoolnix может помочь с этим. Я полагаю, что кто-то еще уже предложил этот пакет вам в ответ на другой вопрос . Как упоминает комментатор в этом ответе, он будет переупаковывать ваш AVI без потери качества.
По сути, вы просто запускаете mkvmerge
программу. Так как файлы AVI и SRT поддерживаются, вы должны иметь возможность запустить это и получить рабочий MKV.
$ mkvmerge -o out.mkv input.avi input.srt
Если вы столкнетесь с проблемами, вам нужно будет определить правильные настройки команды - она может многое, но не может угадать, чего вы от нее хотите. Документация является прекрасным местом для начала.