Вы можете попробовать заново сгенерировать MP4 с MP4Box :
MP4Box -add input.mp4 -new output.mp4
Он не перекодирует аудио / видео контент, поэтому не изменит качество, просто переупакует потоки и пересчитает некоторые метаданные. Вы также можете добавить свои собственные дополнительные метаданные, если хотите (теги iTunes, ...).