Отключение эффектов рабочего стола меняет ваш оконный менеджер с compiz на metacity.
Настройки между двумя отдельными оконными менеджерами независимы, поэтому функциональность здесь изменилась.
Настроить колесо мыши для переключения между рабочими столами - неочевидная вещь, но вы можете изменить ее в gconf.
Нажмите Alt + F2, чтобы открыть диалоговое окно команды запуска, и введите gconf-editor. Нажмите возврат.
Используйте древовидную навигацию слева, чтобы перейти к apps / metacity / global_keybindings / switch_to_workspace_left и apps / metacity / global_keybindings / switch_to_workspace_right.
Эти значения должны быть установлены в Button4 (для колесика мыши вверх) и Button5 (для колесика мыши вниз) соответственно.
Я нашел здесь некоторую информацию, которая может помочь.