Они делают разные вещи.
ntpdateэто то, что вы могли бы рассмотреть "режим одного выстрела". Он запускается один раз и обновляет часы, если получает ответ от удаленного ntp-сервера.ntpdработает непрерывно и слегка настраивает часы, чтобы учесть дрейф и синхронизироваться с удаленным ntp-сервером.ntpd(по умолчанию) не будет вносить никаких изменений более 2 секунд.
При ntpdateзагрузке системы обычно выполняется синхронизация часов, а затем - ntpdсинхронизация. Если, например, когда ваш компьютер загружается, часы выключены на 3 секунды, тогда ntpdможно предположить, что это слишком большой скачок для настройки, и, следовательно, ничего не делать. Ваша система тогда будет дрейфовать еще дальше от синхронизации.