Я фанат GraphicsMagick (он же ImageMagick)
Вот пример изменения размера изображений, размещения новых в отдельном каталоге:
cd public_html/images/thumbs mogrify -resize 16x12 -quality 100 -path ../new-thumbs *.jpg
Вот как конвертировать изображения в другой формат - но это уберет оригиналы:
mogrify -format tiff *.jpg