Скорее всего, у вас уже есть менеджер загрузки, установленный на диске 1, и вы можете просто сохранить его как есть.
Раздел «Система», указанный в диспетчере дисков, - это раздел, с которого загружается BIOS, который определяется BIOS, а не Windows. По умолчанию BIOS загружается с первого активного раздела первого найденного диска (на дисках MBR).
Вы можете проверить, существует ли уже допустимая конфигурация загрузки на втором диске, просто сказав BIOS для загрузки со второго диска.