Да, вы можете дважды зашифровать диск так, как вы предполагаете, но это не имеет большой ценности при значительных дополнительных затратах.
Linux использует концепцию блочных устройств, и вы можете иметь многоуровневые уровни шифрования, каждый из которых действует на блок выше. Luks берет блочное устройство и предоставляет другому блочному устройству незашифрованные данные.
Я не (и не вижу смысла) использовать FDE на зашифрованном диске, однако несколько блоков являются общими - например, программный RAID (уровень 1), обеспечивающий блок DRBD (уровень 2) для LVM (уровень 3), обеспечивающий шифрование (уровень 4) это совершенно нормальный способ настройки вещей - и да, в зависимости от вашей точной цели, вы можете раскладывать вещи по-разному.