«Поля с x по y» определяют параметры для обработки входного файла. Пресеты задают параметры для выходного файла. Поэтому нет, невозможно сохранить эти параметры в качестве предустановки.
Для этого вы можете использовать интерфейс командной строки для Handbrake. Например, у вас есть input.avi, который вы хотите кодировать, начиная с 390 кадров, используя «нормальный» профиль:
HandBrakeCLI -i input.avi -o output.mp4 --preset = "Normal" --start-at frame: 390
Кроме того, если вы хотите обрезать 16 секунд с начала, вы можете попробовать "--start-at duration: 16", которая должна быть независимой от частоты кадров.