Демультиплексор concat позволяет задавать запись метаданных для каждого файла, но это необходимо сделать вручную.
Вы бы изменили свой сценарий на
for i in *.jpg; do echo "file '$i'" >> files.txt; echo "file_packet_metadata url=$i" >> files.txt; done ffmpeg -r 1/3 -f concat -safe 0 -i files.txt -vf "drawtext=text='%': fontcolor=0x808080: fontsize=14: x=w-tw- 10:y=h-th-10" -r 12 -c:v libx264 filename.mp4