Если вы не используете вышестоящее оборудование для прокси, нет, приложение выбирает прокси, а не ОС.
Тем не менее, вы должны быть в состоянии настроить Java для использования сетевого прокси в configure Javaапплете (поиск меню «Пуск», если вы находитесь в Windows), в разделе «Параметры сети». Однако если апплет, который вы используете, специально игнорирует настройки прокси-сервера java и браузера, вы не сможете заставить его соблюдать их, если вы не сделаете это в апстриме.