Просто сделал dist-upgrade моего kali vm и обнаружил ту же проблему. Похоже, это связано с тем, что команда Gnome решила избавиться от значков на рабочем столе.
Вы можете получить их обратно, используя расширения gnome, такие как https://extensions.gnome.org/extension/1444/desktop-icons-enhanced/, но это не идеально.