С проектами, которые я видел, и базами данных, которыми я управлял, обычно лучший способ сделать это - написать сценарий схемы, а затем включить схему в фиксацию вместе со сценарием внесенных вами изменений. Это также облегчает сравнение изменений.
Также посмотрите здесь:
https://stackoverflow.com/questions/173/how-do-i-version-my-ms-sql-database-in-svn