почему бы не использовать mkvmerge? https://mkvtoolnix.download/downloads.html
mkvmerge.exe --output E:\output.mkv --audio-tracks 1,2 --subtitle-tracks 3,4 --no-chapters --language 0:und --default-track 0:yes --compression 0:none --language 1:und --default-track 1:yes --compression 1:none --language 2:und --compression 2:none --language 3:und --compression 3:none --language 4:und --default-track 4:yes --compression 4:none "E:\file1.mkv" --language 0:eng --compression 0:none --language 1:und --compression 1:none "E:\file2.mka" --track-order 0:0,0:1,0:2,0:3,0:4,1:0,1:1 --probe-range-percentage 0.50