Я считаю, что вы должны быть в состоянии сделать это с помощью select
фильтра. Однако при использовании видеофильтра вы больше не сможете осуществлять потоковое копирование - вместо этого вам придется перекодировать файл, выбрав кодек с c:v
флагом.
Например, чтобы создать разрез, начинающийся с 90-го кадра и производящий вывод длиной 1000 кадров, и перекодировать вывод в формат H264, вы можете попробовать:
ffmpeg -i [INPUT] -vf select=gte(n\,90) -vframes 1000 -c:v libx264 -f mp4 [output.mp4]