Существуют ли какие-либо существенные функциональные различия между созданием USB-установки с файлом .iso через Rufus и инструментом для создания носителей MS.
ISO-образ, используемый инструментом создания медиа, идентичен ISO-образу, который вы бы использовали с Rufus.
Есть ли какая-то материальная функциональная разница, в результате получается флешка для установки USB
Нет абсолютно никакой разницы в результате установки среды.