Клипы, используемые в iMovie, на самом деле представляют собой оптимизированные для редактирования «мини-клипы», которые хранятся в виде миниатюр на вашем компьютере. Если вы замените исходный файл, но продолжите работу в обычном режиме, видео должно отображаться правильно в конце.
С новым QuickTime X и его функцией обрезки вам может понадобиться обрезать нормальный исходный клип (сначала сделайте копию) для затронутых частей и повторно импортировать его.