FLAC-файлы без потерь и должны быть преобразованы в формат с потерями, такой как MP3, для использования в iTunes, если вы не конвертируете их в собственный формат Apple без потерь: MP4 AAC (для получения подробной информации об этом формате поищите в википедии: «FairPlay»).
Я не буду вносить какие-либо предложения по конвертации в формат Apple, потому что я предвзято против этого. Вместо этого преобразуйте в MP3 любой желаемый уровень качества с помощью программного обеспечения, указанного здесь: http://flac.sourceforge.net/links.html#software