Мне наконец-то хватило и я написал небольшое приложение для мониторинга моих файловых атрибутов.
Оказывается, каждый раз, когда я синхронизируюсь с TFS, файлы помечаются как доступные только для чтения. Я не могу найти ванильное решение, чтобы предотвратить это, поэтому я настроил вышеупомянутое приложение для сброса атрибутов при каждом изменении.
Не знаю, вызовет ли это другие проблемы. Но на данный момент мой главный был решен.