Когда вы добавляете новый VDI к гостю, вам необходимо создать файловую систему из гостя. Если вы создаете файловую систему, то есть ext4, вы можете установить количество inode с помощью -N
параметра.
Смотрите также: http://linux.die.net/man/8/mkfs.ext4 илиman mkfs.ext4