С жесткого диска, который копируется, все будет в порядке. Gparted просто читает данные, что не является разрушительным.
Он ничем не отличается от того, как если бы вы копировали один лист бумаги другому с помощью ручки. Если бы ваш мозг разбился (это другая проблема), то ничего не случилось бы с читаемой бумагой. Тем не менее, вы можете набросать всю бумагу, на которой написано.
Извините, не самая лучшая аналогия в мире, но она работает ...