Предполагая, что вы правильно диагностировали проблему, это почти (но не совсем) невозможно сделать - у вас есть несколько проблем.
Первый - tcp vs udp - интерактивный трафик, такой как Skype, обычно использует UDP, в то время как просмотр веб-страниц и FTP используют TCP. UDP - это «запусти и забудь», а TCP отправит заново.
Кроме того, для трафика типа Skype вы должны обрабатывать джиттер - т.е. задержка должна быть достаточно стабильной, отправка нескольких пакетов - если вы можете решить, как это сделать, могут все еще вызывать пропадания из-за неупорядоченных пакетов и проблем с джиттером.
Тем не менее, из вашего свободного описания, мне кажется, что проблема, скорее всего, заключается в классах QoS / трафика на маршрутизаторе, то есть в том, чтобы сделать веб-трафик более приоритетным. (DNS также обычно является UDP, поэтому можно ожидать, что сайты случайно не будут загружаться, а трафик TCP будет мучительно медленным со значительным уменьшением количества пакетов при загрузке). Также вы должны знать, что иногда существуют ограничения на количество ICMP / некоторых типов UDP-пакетов для предотвращения DoS-атак - то, что вы говорите, может быть связано с этим.
Прежде чем делать что-либо слишком сложное, вы должны попытаться определить точные характеристики производительности. Если, как я ожидаю, трафик HTTP и HTTPS является приоритетным, проще всего обойти это, установив туннель OpenVPN через TCP через порт 443, а затем через Skype через него.