Я полагаю, что при таком большом проекте вы будете разбивать документ на несколько файлов, чтобы все было в порядке? Как бы я это сделал, у меня есть несколько документов корневого уровня для различных требуемых выходных данных, состоящих из не более чем следующего:
\documentclass[options] \include \begin \tableofcontents \include \include \include \end Загружаемые PDF-файлы могут включать в себя аналогичный корневой документ, который включает в себя только один файл главы, с другим \documentclass{}и соответствующими параметрами.
Что же касается, что делает его HTML, я смотрю на вещи, как они . Я не сделал это сам, но это кажется выполнимым.