Вы можете сделать это с помощью ffmpeg. Попробуйте использовать командную строку следующим образом:
ffmpeg -i <input_filename> -f <container> -vcodec copy -acodec libmp3lame -ar 44100 -ab 128k -ac 2 <output_filename>
Замените материал <> теми именами файлов и контейнеров, которые вы используете. Обратите внимание, что это будет микшировать 2-канальный звук.