Он должен работать.
Вы устанавливаете кабель более высокого качества, но все, что произойдет, это то, что ваше оборудование будет обрабатывать его так, как если бы оно было CAT5e (при условии, что оно, конечно, может показать разницу).
Единственные проблемы могут возникнуть в будущем, когда у вас есть маршрутизаторы, коммутаторы и компьютеры с более высокими характеристиками, которые могут использовать CAT6, но половина вашей сети по-прежнему остается CAT5e. Сеть будет работать со скоростью самого медленного компонента. Как много проблемы будет зависеть от того, что вы делаете, конечно.