Вы можете просто переименовать каталог, который представляет поле. Если ваши бродячие файлы находятся в их каталоге по умолчанию (т.е. /path/to/your/home/.vagrant.d), вы можете просто сделать:
mv vagrant_path/boxes/box_to_rename vagrant_path/boxes/new_box_name
Также обязательно измените Vagrantfile, чтобы использовать новую метку для коробки. Вам просто нужно изменить config.vm.box
директиву, чтобы отразить изменения.