Клонезилла должна сделать свое дело - она запускает partimage (более эффективный, чем dd) и будет создавать резервные копии всего жесткого диска. Большинство достойных решений для резервного копирования (включая clonezilla) будут выполнять резервное копирование на диск большего размера, независимо от того, хотите ли вы использовать диск для диска или диск для образа на диск.
DD возможен, но это рискованно, одна ошибка, и вы безвозвратно стираете диск.