Если ваши обычные треки DTS имеют фиксированный битрейт, как показано ниже,
Metadata: title : Stereo BPS-eng : 768000 DURATION-eng : 01:26:25.973333333
ты можешь использовать
ffmpeg -in.mkv -c copy -map 0:v -map 0:m:BPS-eng:768000 -map 0:s? out.mkv