(опубликовать мой комментарий в качестве ответа
Насколько я помню, CloneZilla использует ntfsresize для подобных случаев, вы можете попробовать.
Это так же просто, как запустить:
ntfsresize /dev/sda1
Где sda1
находится раздел, который вы хотите исправить. Вам понадобятся права суперпользователя.