Полная установка MikTeX включает в себя множество дополнительных пакетов, большинство из которых вы никогда не будете использовать, а также множество шрифтов для множества различных алфавитов. Вместо того, чтобы устанавливать все это, лучше выполнить минимальную установку и позволить MikTeX устанавливать необходимые пакеты и шрифты на лету (при условии, что у вас есть подключение к Интернету, когда вы его используете).
Портативная версия MikTeX ( http://miktex.org/portable/ ) составляет чуть менее 100 Мб, что не так уж и плохо.