Кредит на этот ответ идет на мой местный техник MSY. Он увидел эту статью: http://www.pcworld.com/article/3173618/linux/kaby-lake-is-unleashed-with-kernel-410.html и заставил его задуматься, ограничивает ли ядро 4.4 linux NVMe 960 EVO HDD как-то. Поэтому я обновил ядро с версии 4.4 до версии 4.10, и без каких-либо других изменений производительность шага сетки увеличилась на 39%. В качестве бонуса производительность шага вычисления на GPU увеличилась на 3%.
Stage 1080Ti PC 1080Ti PC 980Ti PC kernel 4.10 kernel 4.4 kernel 4.4 Set up 00:00:12 00:00:12 00:00:14 Create grid 00:13:45 00:22:25 00:15:50 GPU calc 00:02:20 00:02:24 00:03:25 Export results 00:00:22 00:00:22 00:00:26
Это не подтверждает наверняка, что причиной проблемы был SSD 960 EVO NVMe. Но это, по крайней мере, приводит систему к тому, что она быстрее, чем старая для этой задачи.