Я согласен с Кевом, это будет диск. Проверьте их с помощью HDTach или какой-нибудь утилиты для тестирования HDD.
Решение (полный источник программного обеспечения ... будь то Java, C #, C ++) состоит из множества маленьких файлов.
Жесткие диски не спешат их читать.
Решение?
Если это ноутбук : приобретите WD Black Caviar (высокопроизводительный накопитель на 7200 об / мин).
Или, если вы можете себе это позволить, получите SSD. (Меньший, но высокий IOPS.)
Если это настольный ПК: SSD> 10 000 об / мин Raptor> 7200 об / мин, черная икра (WD)> 7200 об / мин, диск ... и так далее.
Черный накопитель на 7200 об / мин не будет таким же быстрым, как SSD (последовательное чтение / запись), но это ОЧЕНЬ огромный прирост по сравнению с обычным накопителем на 7200 или 5400 об / мин.
(пс. Я не фанат WD, я просто не знаю другой компании, которая бы делала такие «высокопроизводительные» диски. Если они существуют, не стесняйтесь редактировать мой ответ, опубликуйте их в моем комментарии.)