У меня была старая установка AGP + PCI - два дисплея на AGP, один дисплей на PCI. Я видел паузу в доли секунды при перемещении окон от мониторов на одной карте к мониторам на другой.
Эта задержка могла бы исчезнуть в PCI-Express - но узким местом могло быть переключение с видеобуфера AGP на видеобуфер PCI.
Кроме того, в зависимости от возраста карты PCI (например, карты S3 Trio-vintage) - некоторые старые карты не будут инициализироваться, если они не установлены в качестве основного адаптера в BIOS. Новые карты не будут иметь этой проблемы. Симптом того, что карта слишком старая, вы получите «устройство не запускается» после установки драйверов - по крайней мере, в Windows это история.