Это похоже на то, что кодек G729, который поставляется с ffmpeg, поддерживает только один канал.
Лучший способ - перейти на последнюю версию ffmpeg и посмотреть, улучшилась ли поддержка.
Если это не так, вы можете опубликовать вежливый запрос о возможностях с разработчиками ffmpeg или сесть сами и изменить исходный код кодека G729 для его реализации. Или заплатите кому-нибудь, чтобы он сделал это за вас, если вы не можете сделать это самостоятельно.