Процессор не должен быть узким местом, если вы не установили контрольную сумму SHA256 в своих файловых системах (или сжатие gzip).
Начните с запуска "top -SH" и "gstat". Первый покажет вам, где процессор тратит время, а gstat покажет, что делают ваши диски. Это должно позволить вам сузить узкие места вашей производительности - процессор или диски.
С RAIDZ ваша производительность ограничена самым медленным диском. Все, что требуется, это один ненадежный диск с несколькими поврежденными секторами, чтобы замедлить процесс сканирования, поэтому проверьте вывод gstat для дисков с необычно высоким временем отклика.
В целом, я бы порекомендовал перейти на FreeNAS 9, основанный на FreeBSD-9, поскольку существует множество улучшений ZFS, которые не вошли во FreeBSD-8 (и, следовательно, во FreeNAS).