Это нормально и не является признаком какого-либо ущерба. Вы не навредите жесткому диску, поместив на него множество мелких файлов.
Когда вы заполняете жесткий диск, время чтения и записи увеличивается. Первые секторы на жестком диске - самые быстрые для чтения и записи.
Вы можете найти эту статью о структуре диска полезной для дальнейшего понимания. Кроме того, есть обсуждение проблемы ядра, которая может или не может быть решена, но кажется, что есть обходной путь, отключив swap.